Die Agglomeration Freiburg verfügt über ein Team von ständigen Mitarbeitern, die in den verschiedenen Tätigkeitsbereichen der Institution tätig sind. Sie beschäftigt derzeit 14 Mitarbeiter, darunter zwei Praktikanten. Das Team wird von einem/einer Generalsekretär-in geleitet, der vom Agglomerationsvorstand der Agglomeration Freiburg ernannt wird.