Die Agglomeration Freiburg setzt sich aus zehn Mitgliedgemeinden zusammen und wird durch zwei Organe verwaltet:

• der Agglomerationsrat der Agglomeration Freiburg, bestehend aus 59 Mitgliedern (Legislative);
• der Agglomerationsvorstand der Agglomeration Freiburg, bestehend aus 12 Mitgliedern (Exekutive).

Der Agglomerationsrat  wählt die Mitglieder des Büros des Agglomerationsrates , der Finanzkommission und der Kommission für Raumplanung, Mobilität und Umwelt.

Die Kommission für die regionale Raumplanung und die Mobilität und die Kulturkommission sind ihrerseits dem Agglomerationsvorstand unterstellt.